Созданный в 1937 году дом-музей имени В.И. Ленина позднее стал Ленинским мемориальным комплексом, а в 1991 году получил свое современное название.
Охранная зона «Подолья» составляет 13 гектаров ландшафтной территории, где произрастает 150 видов растений. Сегодня музей-заповедник включает в себя комплекс зданий, где размещены экспозиции, такие как «История села Подол и города Подольска», «Истоки большевизма», «Святая Русь - надежда России» и другие. В 2007 году в отреставрированном доме купца Морозова открылась экспозиция «Подольск купеческий».
Музей проводит большую просветительскую работу, приглашая на экскурсии, конференции и «круглые столы» школьников и студентов. Здесь создан и работает краеведческий центр с читальным залом и библиотекой.
Более 40 лет руководит музеем-заповедником заслуженный работник культуры РФ, почетный гражданин города Подольска Ирина Алексеевна Романкевич.